در بخش‌های مختلف آستان قدس رضوی همانند همه دستگاه‌ها و نهاد‌های دولتی و غیردولتی، «مالیات تکلیفی» و «مالیات بر ارزش افزوده» حسب دستور مقام معظم رهبری مطابق قواعد قانونی پرداخت می‌شود.
آیت‌الله رئیسی تولیت محترم آستان، بیشترین تأکید را بر ضرورت شفافیت مالی در همه بخش‌های آستان داشته‌اند و اسناد این پرداخت‌های مالیاتی کاملا شفاف و در دسترس است.
درخصوص نذورات و موقوفات آستان قدس (مانند دیگر بقاع متبرکه)، مطابق نص صریح قانون، موقوفات، نذورات و هدایای نقدی و غیرنقدی اهدایی به همه عتبات مقدسه، مساجد، تکایا و… مشمول معافیت مالیاتی هستند.
بر همین اساس، احتمالا جناب آقای مطهری خوب می‌دانند که چرا بابت مؤسسات فرهنگی و انتشاراتی که مدیریت آن‌ها را برعهده دارند، مالیاتی پرداخت نمی‌کنند!:
درخصوص شرکت‌ها و مؤسسات وابسته به آستان قدس، از آنجا که قاطبه آن‌ها ریشه وقفی دارند، طبق نظر امام (ره) معاف از مالیات هستند.
در اواسط دهه ۶٠ حضرت امام خمینی (ره) شفاهاً به نخست‌وزیر وقت دستور داده بودند که نباید از آستان قدس مالیات گرفته شود.
در ٢٠ فروردین ١٣۶٨ نیز حضرت امام (ره) در پاسخ به نامه تولیت فقید مرحوم آیت‌الله واعظ طبسی معافیت مالیات آستان قدس را به نخست وزیر ابلاغ کردند.
