بنی النضیر تیره‌ای از یهود بودند که در جنوب شرقی مدینه سکونت داشتند و دارای قلعه و مزارع و نخلستانی در آن محل بودند،اینان با پیغمبر اسلام پیمان عدم تعرض و دوستی داشتند و متعهد شده بودند که بر ضد مسلمانان اقدامی نکنند و کسی را علیه ایشان تحریک ننمایند.
دو حادثه شوم”رجیع و بئر معونه”، سبب شد که دوباره زبان یهود به استهزاء مسلمانان باز شود و آنان را مورد شماتت قرار دهند و سخنان ناهنجاری درباره پیغمبر اسلام بر زبان آورند و سبب جرأت دشمنان و منافقین گردند. پیغمبر اسلام دیگر بار متوجه این دشمنان داخلی گردید و در صدد برآمد تا از عقیده قلبی آنان نسبت به مسلمانان مطلع شده و پایدار نبودن ایشان را در پیمانی که بسته بودند آشکار سازد.
کشته شدن آن دو عامری به دست عمرو بن امیه چنانکه در داستان بئر معونه گذشت، سبب شد که پیغمبر اسلام در صدد تهیه دیه و خون بهای آن دو نفر بر آید و آنان را به کسان مقتولان که هم‌پیمان با او بودند بپردازد. در این میان قبیله بنی عامر همان گونه که با رسول خدا(ص)هم پیمان بودند با یهود بنی‌النضیر نیز هم پیمان بودند، رسول خدا(ص) در صدد برآمد تا از یهود مزبور کمک بگیرد و به همین منظور با ده نفر از یاران خود که از آن جمله علی بن ابیطالب(ع)بود به سوی محله بنی‌النضیر حرکت کرد و چون بدانجا رسید و منظور خود را اظهار کرد آنان در ظاهر از پیشنهاد آن حضرت استقبال کرده و آمادگی خود را برای کمک و مساعدت در این باره اظهار داشتند و از آن حضرت دعوت کردند تا در محله آنان فرود آید، پیغمبر اسلام فرود آمده و به دیوار قلعه آنان تکیه داد و به انتظار کمک آنها در آنجا نشست، در این موقع چند تن از سرکردگان آنها به عنوان آوردن پول یا تهیه غذا به میان قلعه رفته و با هم گفتند: شما هرگز برای کشتن این مرد چنین فرصتی مانند امروز به دست نخواهید آورد، خوب است هم اکنون مردی بالای دیوار برود و سنگی را از بالا بر سر او بیفکند و ما را از دست او راحت و آسوده سازد، همگی این رأی را پسندیده و با اینکه یکی از بزرگان‌شان به نام سلام بن مشکم با این کار مخالفت کرده گفت: شاید خدای محمد او را از این کار آگاه سازد، به سخن او گوش نداده و در صدد انجام این کار بر آمدند.
شخصی از ایشان به نام عمرو بن جحاش انجام این کار را به عهده گرفت و بی درنگ خود را به بالای دیوار رسانید تا توطئه آنها را اجرا کند؛ ولی قبل از اینکه او کار خود را بکند خدای تعالی به وسیله وحی پیغمبر را از توطئه ایشان آگاه ساخت و رسول خدا(ص) فوراً از جای خود برخاسته و مانند کسی که دنبال کاری می رود بدون آنکه حتی یاران خود را خبر کند به سوی مدینه به راه افتاد. در برخی از نقل‌ها هم آمده که رو به اصحاب خود کرده فرمود: شما در جای خود باشید و خود تنها راه شهر را در پیش گرفت . اصحاب که دیدند مراجعت پیغمبر به طول انجامید از جای برخاسته به جستجو پرداختند و از کسی که از مدینه می‌آمد سراغ آن حضرت را گرفتند و او گفت: من پیغمبر را در شهر مدینه دیدار کردم. پیغمبر اسلام مطمئن بود که با رفتن او، یهود جرأت آنکه به اصحاب او گزندی برسانند ندارند و از عکس‌العمل و انتقام رهبر مسلمانان بسختی واهمه و بیم دارند. به هر صورت، یاران رسول خدا(ص)که این حرف را شنیدند خود را به مدینه و نزد پیغمبر رساندند و چون علت آمدن او را پرسیدند حضرت توطئه آنها و وحی خدای تعالی را به ایشان اطلاع داد، و به دنبال آن یکی از مسلمانان به نام محمد بن مسلمه را مأمور کرده فرمود: به نزد یهود بنی النضیر برو و به آنها بگو: شما پیمان شکنی کردید و از در مکر و حیله بر آمدید و نقشه قتل مرا طرح نمودید، اینک تا ده روز مهلت دارید که از این سرزمین بروید و از آن پس اگر در اینجا ماندید کشته خواهید شد.
محمد بن مسلمه پیغام رسول خدا(ص)را به آنها رسانید، یهود مزبور که تاب مقاومت در برابر مسلمانان را در خود نمی‌دیدند آماده رفتن شدند ولی عبد الله بن ابی سرکرده منافقین مدینه برای آنها پیغام فرستاد که از جای خود حرکت نکنید و ما دو هزار نفر هستیم که آماده کمک به شما می‌باشیم و هرگز شما را تسلیم محمد نخواهیم کرد و یهود بنی قریظه نیز به پشتیبانی شما برخاسته و شما را یاری می کنند.
یهودیان گول وعده او را خورده و ماندند، و به محکم کردن قلعه‌های خویش پرداختند و چون مهلت به پایان رسید پیغمبر اسلام پرچم جنگ را بست و به دست علی بن ابیطالب(ع)داد و با سربازان اسلام به سوی قلعه‌های بنی‌النضیر حرکت کرد و دستور محاصره آنان را صادر فرمود. محاصره آنان به طول انجامید که بعضی مدت محاصره را بیست و یک روز ذکر کرده اند، و به گفته برخی رسول خدا(ص)برای اینکه یهود مزبور از آن سرزمین دل برکنند و یا کمال خواری و ذلت خود را به چشم ببینند دستور داد چند نخله خرما را از باغ‌های آنها قطع کردند و همین هم شد و آنها تسلیم شده و حاضر به ترک خانه و دیار گشتند و از آن سرزمین رفتند،و مفسران نیز گفته‌اند آیه”ما قطعتم من لینه او ترکتموها قائمه علی اصولها فباذن الله ” نیز در همین باره نازل شده که چون یهود بنی‌النضیر آن حضرت را در این کار سرزنش کردند، این آیه نازل شد و به هر صورت یهودیان که دیدند از کمک‌هایی که عبد الله بن ابی وعده کرده بود خبری نشد و یهود بنی قریظه هم برای نجات آنها اقدامی نکردند به ستوه آمده و تدریجا ترس و ناامیدی بر آنها مستولی شد و تسلیم شدند و از پیغمبر اسلام امان خواستند تا از مدینه کوچ کنند .
رسول خدا(ص)موافقت فرمود که هر سه نفر از آنها یک شتر با خود ببرند و هر چه می‌خواهند از اثاثیه خود بر آن بار کنند و بقیه را به جای بگذارند و بروند و بدین ترتیب یهود بنی‌النضیر از مدینه کوچ کرده جمعی از آنها در خیبر اقامت گرفتند و بیشترشان نیز به شام رفتند و با رفتن آنها غنیمت بسیاری برای مسلمانان به جای ماند که رسول خدا(ص) با مشورت اصحاب آن را به مهاجرین مکه که تا آن روز به صورت میهمان در خانه انصار زندگی می‌کردند اختصاص داد و میان آنها تقسیم کرد و از آن پس مهاجرین مکه نیز مانند مردم دیگر مدینه صاحب خانه و زندگی مستقل و جداگانه‌ای شدند، و از کمک انصار بی نیاز گشتند.
تنها دو نفر از انصار بودند که به خاطر حاجتی که داشتند آن حضرت سهمی نیز به هر کدام از آن دو داد که یکی ابو دجانه انصاری و دیگر سهل بن حنیف بود و دو نفر از یهود مزبور نیز به نام یامین بن عمرو و ابو سعد بن وهب مسلمان شدند و در مدینه ماندند. شیخ مفید(ره)و نیز ابن شهراشوب در کتاب‌های خود داستانی از شجاعت و فداکاری علی بن ابیطالب (ع) در ایام محاصره بنی النضیر نقل کرده‌اند که ذیلاً از نظرشما می‌گذرد: گویند:هنگامی که رسول خدا(ص) برای محاصره یهود بنی‌النضیر آمد دستور داد خیمه‌اش را در آخرین نقطه از زمین‌های گودی که در آنجا بود و به زمین بنی حطمه معروف بود بزنند، همین که شب شد مردی از بنی‌النضیر تیری به سوی خیمه آن حضرت انداخت و آن تیر به خیمه اصابت کرد، پیغمبر(ص)دستور داد خیمه‌اش را از آنجا بکنند و در دامنه کوه نصب کنند و مهاجر و انصار اطراف آن، خیمه‌های خود را برپا کردند، چون تاریکی شب همه جا را فرا گرفت ناگاه متوجه شدند که علی بن ابیطالب در میان آنها نیست، به نزد رسول خدا(ص)آمده و معروض داشتند :علی بن ابیطالب گم شده و در میان ما نیست؟
فرمود: فکر می‌کنم به دنبال اصلاح کار شما رفته باشد، طولی نکشید که علی(ع) در حالی که سر بریده همان مرد یهودی را که تیر به سوی خیمه رسول خدا(ص) انداخته بود، در دست داشت بیامد و آن سر را نزد آن حضرت گذاشت. پیغمبر(ص)فرمود: یا علی چه کردی؟ عرض کرد: من دیدم این خبیث مرد بی باک و دلاوری است، پس در کمین او نشستم و با خود گفتم :چه چیز در این تاریکی شب او را چنین بی باک کرده جز اینکه می‌خواهد از این تاریکی استفاده کرده دستبرد و شبیخونی بزند، ناگاه او را دیدم که شمشیر در دست دارد و با سه تن از یهود می‌آید، من که چنان دیدم برخاسته و بدو حمله کرده و او را کشتم و آن سه نفر که همراهش بودند گریختند و هنوز چندان دور نشده‌اند و اگر چند نفر همراه من بیایند امید آن هست که بدانها دست یابیم. رسول خدا(ص)ده نفر را که از آن جمله ابو دجانه و سهل بن حنیف بود همراه علی(ع) روانه کرد و آنان بسرعت آمده پیش از آنکه یهودیان به قلعه‌های خود برسند بدانها رسیدند و آنها را به قتل رسانده و سرهای ایشان را به دستور پیغمبر(ص) در چاه‌های بنی حطمه افکندند و همین جریان رعب و وحشتی در دل بنی‌النضیر افکند و سبب تسلیم و کوچ کردن آنان از مدینه گردید.