در این بین عده ای اعتقاد دارند مشابه سال‌های گذشته فدراسیون اقدام به سندسازی کرده است. در روزهایی که خیلی از بازیکنان استقلال و پرسپولیس اظهار نظر کرده‌اند اما جواد نکونام در این باره سکوت کرد اما حالا که فدراسیون می‌گوید کار تمام شده و حتی مدارک باشگاه استقلال مورد تائید AfC قرار گرفته، نکونام سکوتش را شکست. او تاکید می‌کند در این سال ها به خاطر استقلال و هوادارانش چیزی نگفته و تصور می‌کرد مشکل، دوستانه حل شود، حالا به این مسئله واکنش نشان می‌دهد.
جواد نکونام در این خصوص گفت:متاسفانه در فوتبال ایران وقتی سکوت کنی و چیزی نگویی، تصور می‌کنند زبان نداری و نمی‌توانی حرف بزنی. با اینکه مدت‌هاست منتظر مانده‌ام و حرفی درباره طلبم از استقلال نگفته‌ام، وقتی شنیدم این باشگاه تمام طلب هایش را تسویه کرده یا حداقل با طلبکاران توافق داشته، تعجب کردم. از خودم پرسیدم کی با من تسویه کرده اند که خودم خبر ندارم؟!
وی خاطرنشان کرد: یادم هست باشگاه الشارجه امارات پیشنهادی دو ساله به من داد که برای هر سال نزدیک به ۵٫۵ میلیارد تومان پرداخت می کردند. من می توانستم به راحتی به این پیشنهاد پاسخ مثبت بدهم ولی فدراسیون فوتبال به من گفت در ایران و استقلال بمان چون همان موقع اسم لیگ شان را هم به اسم مجعول خلیج ع-ر-ب-ی تغییر دادند. فدراسیون تاکید داشت در استقلال بمان و قرار بر این شد نیمی از قراردادم را استقلال بدهد و نیمی دیگر را فدراسیون فوتبال. آنها خودشان گفتند از محل درآمد باشگاه استقلال، پولت را می دهیم. من هم این موضوع را پذیرفتم و ماندم ولی متاسفانه قولی که داده بودند را، عملی نکردند.
نکونام در ادامه تصریح کرد: واقعا این رفتار من را رنجاند. منتی هم نیست چون خودم دوست داشتم در استقلال بمانم ولی آیا مستحق این رفتار بودم؟ اگر متوجه شوم فدراسیون یا باشگاه استقلال به AFC گفته باشند تمام طلب هایشان را پرداخت کرده اند آنوقت مجبور خواهم شد کاری را که قلبا دوست ندارم، انجام دهم. تا الان هم به خاطر استقلال و هواداران منتظر ماندم ولی رفتاری که با من شد، آزار دهنده است. آیا هرکس سکوت کند و چیزی نگوید، باید چنین رفتاری با او شود؟
کاپیتان اسبق تیم ملی، در صورت تخلف آبی‌ها، در این زمینه گفت: هواداران استقلال در جریان باشند که من حتی حاضر شده بودم کل طلبم را ببخشم و در عوض باشگاه پول مالیاتم را که متعهد به پرداخت آن شده، بپردازد اما دوستان حتی جواب تلفنم را ندادند و پیگیری هم نکردند تا کار به اینجا بکشد. با این حال امیدوارم فدراسیون به قولش عمل کند و طلبم را بدهند وگرنه من هم کاری که نباید، انجام می دهم. حکم کمیته انضباطی را هم دارم چون این حکم بر اساس اقرار و نامه رسمی خود باشگاه بوده، قطعی است و امیدوارم مشکلم را حل کنند.